В англоязычном интерфейсе разница между названиями чувствуется лучше, чем в русскоязычном.
Customize - это настройки внешнего вида приложения, а Options - настройки поведения.

В русскоязычном варианте "Настройки" и "Параметры" всегда заставляют вспоминать, за какую часть настроек отвечают пункты меню. Может быть выбранные названия ближе по значению и воспринимаются как синонимы?
Дополнительная путаница возникает из-за того, что во многих других приложениях (не MS Office) часто есть только пункт меню "Настройки".

А в редакторе Syntext Serna, например, ориентироваться проще. Там есть пункты "Параметры" и "Настроить интерфейс".